之后则是裁撤尚书台，建三省六部制。

皇帝之下，设总理一人，副总理若干。总理由皇帝任命，统摄三省。

总理之下，设中书令、门下令各一人，掌管中书省、门下省。两省办公地点在宫内，直接对皇帝负责。负责政令的起草、审核、监督、考核与修改。

尚书省具体负责政令的执行，为主体行政部门。下设吏（人事）户（财政）礼（教育祭祀）兵（国防后勤）刑（司法、执行）工（建设）六部。副总理与六部尚书人选，均由总理任命。

三省六部之外，另设宗正府（皇族管理）、少府（皇帝私人金库），以上两个衙门，在级别上低于总理但高于尚书，而且其人事任命权在皇帝。

另有鸿胪寺和理藩院：前者主管外交，负责与大汉敌体的国家进行平等交往。后者主要负责大汉境内的诸多异族和附近属国的各类交涉事务。其主官人选，也由总理任命。

民政部门之外，为了防止文武分途后，尤其是天下一统后军人地位低下。依旧保持了大司马府，专掌军事。（刘谌的意思是，关彝之后，就改大司马府为大都督府，大司马也将成为一个永远的荣誉职位。）

大司马府（大都督府）与兵部的职权划分，既要防止后世武人地位衰落，也要防止武人权力过大而犯上作乱。严格来说就是军令、军政分离。

大司马府管征兵、训练、军官晋升和任职调动、作战、战略战术计划制定、军校设置与管理等。兵部就是专门为大司马府以上的所有计划做后勤保障的：粮食供应、俸禄发放、国防建设专款拨付、装备供应与改良、退役士兵的安置、阵亡将士的抚恤等。简而言之，若是和后世相比，大司马府的职权大约类似于后世中央军委下的总参和总政，兵部的职权大约类似于总后与总装。

军政、民政之外，还有两个独立的机构：最高法院（审判）、廉政公署（监察）。这两个机构的主官，由皇帝任命。而且一旦任命，除非渎职，否则任期终身。

最后，拆分司闻曹。一部分仍为司闻曹，负责对外情报刺探、暗杀、扶持境外友好势力或者发动国外百姓暴动等。一部分命名为锦衣卫，主要负责国内民情监控、引导。不过作为穿越者，关彝给了对外的司闻曹便宜行事的权力，却对锦衣卫的职权范围做了明确限制：只有眼睛、耳朵、鼻子和嘴巴，但是没有手——有探听权、报告权，但是没有执行权。当然也没有后世锦衣卫那样有自己的监狱、司法审判权力等。

中央之下，州级行政部门弱化，审判、监察、内情掌控部门强化。郡级有完整的应对中央诸多衙门的各级部门，也设立各郡法院和廉政公署。而县级则是行政部门全部对应上级一一设置，但审判、监察部门则没有：在这个时代，把法院建在县级真的是浪费而且没有必要。县长一人继续身兼行政、司法才是符合这个时代的安排。而在目前县作为最低一级国家行政单位的前提下，你在县里设廉署也是真的没什么用：监督监督，上级对下级都未必有效，平级监督那就……

随着这道命令下来的，当然还有各级政府主官的任命。

总理、大司马：关彝。

副总理：简单、樊建、裴秀。

吏部尚书：郤正，侍郎：张华。

户部尚书：糜照，侍郎：和峤。

礼部尚书：诸葛京，侍郎：任恺。